Ridha Bergaoui: Antibiorésistance et élevages avicoles
Les antibiotiques représentent certainement l’une des découvertes majeures de l’humanité. Depuis leur introduction en médecine, ils ont permis de sauver des millions de vies en rendant curables des infections bactériennes autrefois souvent graves, voire mortelles. Ils constituent encore aujourd’hui un outil thérapeutique irremplaçable, aussi bien en médecine humaine que vétérinaire.
L’antibiorésistance: une réelle menace pour la santé
La remarquable efficacité des antibiotiques est cependant menacée par l’apparition et la progression de l’antibiorésistance. Certaines bactéries, autrefois sensibles à un antibiotique, acquièrent des mécanismes leur permettant de survivre à son action. Le traitement devient alors moins efficace, voire totalement inefficace, et certaines infections deviennent beaucoup plus difficiles à traiter.
Chez l’homme, l’automédication, l’utilisation d’antibiotiques lorsqu’ils ne sont pas nécessaires, leur emploi contre des infections virales ou le non-respect des prescriptions peuvent contribuer à ce phénomène. L’utilisation des antimicrobiens chez les animaux producteurs de denrées alimentaires constitue également une composante importante du problème. Plus les antibiotiques sont utilisés de manière excessive, inappropriée ou répétée, plus cette pression peut favoriser la diffusion des bactéries résistantes.
La découverte et surtout la mise au point de nouveaux antibiotiques sont devenues particulièrement difficiles, longues et coûteuses. Le développement de nouveaux antibiotiques ne progresse pas suffisamment vite pour suivre l’évolution des résistances. Cette situation rend d’autant plus nécessaire une utilisation raisonnée des antibiotiques, les réserver aux situations où ils sont réellement nécessaires, respecter les indications, les doses et les durées de traitement, mais surtout renforcer la prévention des maladies.
L’antibiorésistance est devenue un problème majeur de santé publique en Tunisie comme partout dans le monde. Elle entraîne des difficultés thérapeutiques croissantes, surtout pour les patients vulnérables, et favorise les infections liées aux soins.
Elevage avicole intensif et antibiotiques
Grâce à la sélection génétique, à l’amélioration de l’alimentation, à la maîtrise de l’ambiance des bâtiments et aux progrès sanitaires, l’élevage avicole moderne a profondément transformé la production de viande et d’œufs. Un poulet de chair peut aujourd’hui atteindre en quelques semaines un poids qui nécessitait autrefois plusieurs mois et une pondeuse est capable de pondre plus de 320 œufs/an. Des milliers, voire des dizaines de milliers d’oiseaux peuvent être élevés dans un même bâtiment, avec une forte densité animale et des cycles de production très courts.
Dans ces conditions, une infection bactérienne peut se propager rapidement au sein du troupeau, et même dans tous les bâtiments, et provoquer d’importantes pertes économiques. C’est dans ce contexte que les antibiotiques ont progressivement occupé une place importante dans l’élevage intensif.
Ils ont d'abord été utilisés pour traiter les infections bactériennes et sauver les animaux malades. Ils ont également été utilisés dans certaines situations pour contrôler ou prévenir la diffusion d'une infection dans un groupe d'animaux lorsqu'un risque sanitaire était identifié. Ces antibiotiques sont indispensables pour la bonne conduite de l’élevage et ils ne peuvent être mis en cause.
L'intensification de l'élevage n'est pas synonyme d’un usage excessif d'antibiotiques. Un élevage avicole moderne et intensif, correctement conduit peut présenter un niveau sanitaire élevé malgré une utilisation limitée d'antibiotiques.
Les antibiotiques ont été également longtemps utilisés comme «facteur de croissance». C’est cet usage non médical des antibiotiques qui a suscité de nombreuses controverses où les antibiotiques ont été mis en cause dans une éventuelle antibiorésistance. Ce ci a conduit les autorités sanitaires à les interdire en alimentation animale depuis 2006.
Utilisation des antibiotiques comme facteurs de croissance
Dans les élevages avicoles modernes, les animaux sont élevés d’une façon intensive pour produire rapidement de grandes quantités de produits (viande et œufs), d’une façon rentable et à des prix réduits. Ce ci a conduit à des concentrations d’animaux très élevées (des bandes de plusieurs milliers d’oiseaux et des densités au mètre carré très élevées). Dès le milieu du XXe siècle, les chercheurs ont constaté qu’à faibles doses certains antibiotiques pouvaient améliorer l’état de santé du troupeau, la croissance des animaux et l’efficacité alimentaire. L’antibiotique pouvait modifier l’équilibre du microbiote intestinal, réduire certaines bactéries concurrentes ou potentiellement pathogènes et diminuer certaines perturbations intestinales. Une partie de l’énergie et des nutriments normalement mobilisés dans les interactions entre l’animal et son microbiote pouvait ainsi être davantage disponible pour la croissance.
L’ajout d’antibiotiques à très faibles doses dans l’aliment concentré présentait donc un intérêt économique évident. Il permettait d’obtenir davantage de produit avec une quantité donnée d’aliment et réduire certaines pertes sanitaires.
Malheureusement, on s’est rendu compte que des bactéries du tube digestif de ces oiseaux, résistantes aux antibiotiques, pouvaient se retrouver ensuite dans leurs déjections, dans l’environnement de l’élevage, au niveau de l’abattoir et dans la chaîne alimentaire. Elles peuvent atteindre l’homme principalement par la consommation ou la manipulation de viande contaminée, mais aussi par le contact direct avec les animaux ou l’environnement de l’élevage. Une fois chez l’homme, ces bactéries peuvent provoquer une infection difficile à traiter ou, parfois, transmettre leurs gènes de résistance à d’autres bactéries présentes dans le microbiote intestinal.
Ainsi, le problème ne se limite pas à l’animal et la résistance de ces bactéries sélectionnée dans l’élevage peut contribuer à réduire l’efficacité de certains antibiotiques utilisés en médecine humaine. L’usage donc des antibiotiques comme facteur de croissance pour améliorer les performances des animaux peut ainsi contribuer à l’apparition de l’antibiorésistance.
Interdiction et alternatives à l’utilisation des antibiotiques comme facteur de croissance
Dans l’Union européenne, ainsi qu’en Tunisie, l’utilisation des antibiotiques comme promoteurs de croissance a été interdite à partir du 1er janvier 2006. Les antibiotiques restent indispensables et utilisés uniquement pour traiter certaines infections bactériennes lorsqu’elles surviennent. Ils doivent être prescrit par un vétérinaire qui détermine le choix de la molécule, sa dose, la durée du traitement et les précautions à prendre en fonction de l’affection, de l’animal et, lorsque cela est nécessaire, des résultats des analyses microbiologiques et de la sensibilité de la bactérie.
L’usage des antibiotiques administrés de façon systématique à des animaux sains, notamment à faibles doses et pendant de longues périodes comme facteurs de croissance pour améliorer les performances zootechniques, a été définitivement interdit depuis 2006 dans de nombreux pays dont la Tunisie.
La suppression de ces facteurs de croissance pouvait conduire à une diminution des performances, une augmentation des troubles digestifs et une hausse des coûts de production. Les recherches se sont donc intensifiées afin de trouver des solutions de remplacement permettant de maintenir la santé intestinale et les performances des animaux sans recourir aux antibiotiques.
La recherche s’est orientée vers une nouvelle génération d’additifs alimentaires qui ne représentent aucun risque pour le consommateur tout en gardant l’avantage zootechnique des antibiotiques. De nombreux produits sont de nos jours utilisés. On trouve les probiotiques, prébiotiques, acides organiques, enzymes, phytobiotiques, huiles essentielles, bactériophages et peptides antimicrobiens.
Ces produits n’ont ni les mêmes mécanismes d’action ni le même niveau d’efficacité. Certains favorisent l’équilibre du microbiote intestinal, d’autres améliorent la digestibilité des aliments, modifient le pH intestinal ou exercent une action antimicrobienne directe. Leur efficacité dépend également de la souche, de la formulation, de la dose, de l’aliment, des conditions d’élevage et du statut sanitaire des animaux.
Par ailleurs, renforcer l’hygiène sanitaire des élevages demeure essentielle et permet de réduire l’usage des médicaments et les frais vétérinaires. Dans les élevages intensifs «prévenir vaut mieux que guérir». La règle est donc de prévenir les maladies plutôt que de devoir les traiter, ce qui serait plus cher et souvent plus difficile. Il s’agit également de prendre en charge l’ensemble du troupeau et non les individus.
Cela commence par la conception du poulailler et passe par la biosécurité au niveau de l’élevage avec la désinfection du bâtiment et du matériel, qualité des poussins, qualité de l'eau, maîtrise des nuisibles, séparation des lots, respect des périodes de vide sanitaire et contrôle des conditions d'ambiance, contrôle des visiteurs et des mouvements... La vaccination constitue un outil essentiel, une bonne prévention des maladies virales ou bactériennes diminue les complications secondaires et peut réduire le recours aux médicaments.
La nutrition joue aussi un rôle déterminant. Une alimentation équilibrée, une bonne qualité des matières premières et une gestion correcte de la santé intestinale contribuent à réduire les troubles digestifs et les infections opportunistes.
De nouvelles perspectives
Les biotechnologies, le séquençage à haut débit, la biologie de synthèse et l'intelligence artificielle permettent désormais d'explorer beaucoup plus rapidement la diversité du monde microbien, d'identifier de nouvelles cibles bactériennes et de rechercher des molécules antimicrobiennes qui auraient été difficiles à découvrir avec les méthodes classiques. L'IA peut notamment analyser d'immenses bibliothèques de molécules et prédire celles susceptibles de posséder une activité antibactérienne, accélérant ainsi la sélection des candidats avant leur validation expérimentale.
L'avenir ne repose probablement pas uniquement sur la découverte de nouveaux antibiotiques classiques. Les bactériophages, les anticorps, les peptides antimicrobiens, les agents capables de perturber les biofilms, les modulateurs du microbiote et d'autres approches biologiques sont également étudiés comme alternatives ou compléments.
La recherche continue à explorer de nouvelles possibilités comme les bactériocines. Il s’agit de substances antimicrobiennes, généralement de nature protéique, produites naturellement par certaines bactéries pour inhiber ou détruire d’autres bactéries, notamment des bactéries indésirables ou pathogènes.
La Tunisie n’est pas du tout en marge de cette innovation. Selon l’article paru, il y a quelques jours, dans Leaders «La première unité pilote de fermentation de 150 litres dédiée à la production de bactériocines en Tunisie installée à l’ISSBAT», la Tunisie vient de démarrer la première unité pilote de production de bactériocines, équipée d’un fermenteur de 150 litres. Issue du projet AviBiocin, cette unité vise à transformer les résultats de recherche universitaire en solution concrète pour réduire l’usage des antibiotiques en aviculture.
Par ailleurs, la Tunisie a élaboré en 2019 un Plan d’action national de lutte contre la résistance aux antimicrobiens (RAM), avec notamment pour objectifs de renforcer la sensibilisation, la surveillance et la prévention des infections, mais aussi de promouvoir un usage plus rationnel des antimicrobiens. Ce plan a été élaboré et actualisé dans une démarche associant les secteurs de la santé humaine et de l’agriculture selon l’approche «Une seule santé» ou «One Health». Les bactéries résistantes et les gènes de résistance peuvent circuler entre l’être humain, les animaux, les aliments et l’environnement. «Une seule santé» consiste à considérer ces différents compartiments comme un ensemble et à faire travailler conjointement médecins, vétérinaires, agronomes, microbiologistes, spécialistes de l’environnement et décideurs.
Pour l’aviculture, réduire l’usage inutile des antibiotiques dans les élevages, renforcer la biosécurité et la surveillance des résistances, améliorer la prévention des maladies et rechercher des alternatives aux antimicrobiens font partie d’une même stratégie de santé publique.
Conclusion
Les antibiotiques restent indispensables pour traiter de nombreuses infections aussi bien en médecine humaine que vétérinaire. Malheureusement, l’antibiorésistance constitue aujourd’hui l’un des grands défis de santé publique. Autant que l’homme, les élevages avicoles peuvent y contribuer lorsque les antibiotiques sont utilisés de manière excessive ou inappropriée.
Pour les élevages avicoles, afin de réduire et limiter le recours aux antibiotiques, la meilleure stratégie repose avant tout sur la prévention. Parallèlement, l’usage des antibiotiques dans les aliments concentrés, comme facteur de croissance a été interdit depuis 2006. Ils sont remplacés par d’autres additifs alimentaires comme les probiotiques, les prébiotiques, les huiles essentielles, les enzymes… La recherche, l’IA et les nouvelles technologies ouvrent de nouvelles perspectives. Les bactériocines pourraient constituer des outils complémentaires intéressants.
L’éducation, la prévention, l’usage raisonné des antibiotiques, l’innovation et l’approche «Une seule santé» (qui inclue santé humaine, santé animale et environnement) représentent des leviers importants de la lutte contre l’antibiorésistance.
Ridha Bergaoui
Lire aussi
• Et si notre santé dépendait aussi de celle de nos animaux et de nos écosystèmes ?